Alojzy urodził się 9 marca 1568 r. koło Mantui jako najstarszy syn z ośmiu synów margrabiego Ferdynanda di Castiglione. Ojciec przywiązywał dużą wagę do jego narodzin. Alojzy urodził się jednak bardzo wątły, a matce groziła przy porodzie śmierć. Rodzice więc uczynili ślub, że udadzą się z pielgrzymką do Loreto, jeśli matka i syn wyzdrowieją. Tak się też stało.

Ojciec marzył o laurach rycerskich dla syna. W tym właśnie czasie flota chrześcijańska odniosła świetne zwycięstwo nad Turkami pod Lepanto (1571 r.). Ojciec Alojzego brał udział w wyprawie. Dumny ze zwycięstwa ubrał swojego trzyletniego syna w strój rycerza i paradował z nim w fortecy nad rzeką Padem ku radości żołnierzy. Kiedy ojciec podążył na wyprawę wojenną do Tunisu (1573 r.), pięcioletni Alojzy wrócił pod opiekę matki.
Kiedy Alojzy miał 7 lat, przeżył swoje „nawrócenie”, jak sam twierdził. Poczuł nicość ponęt tego świata i wielką tęsknotę za Panem Bogiem. Odtąd duch modlitwy, otrzymany od matki, wzrósł w nim jeszcze silniej. Codziennie z budującą pobożnością odmawiał na klęczkach oprócz normalnych pacierzy rannych i wieczornych siedem psalmów pokutnych i oficjum do Matki Bożej. Ojciec był z tego niezadowolony. Po swoim powrocie z wyprawy wysłał syna do Florencji na dwór wielkiego księcia Franciszka Medici, by tam nabył manier dworskich. Alojzy jednak najlepiej czuł się w słynnym sanktuarium, obsługiwanym w Florencji przez serwitów, w kościele Annuntiata. Tu też przed ołtarzem Bożej Matki złożył ślub dozgonnej czystości. Jak głoszą jego żywoty, w nagrodę miał otrzymać przywilej, że nie odczuwał pokus przeciw anielskiej cnocie czystości.
W 1579 r. ojciec Alojzego został mianowany gubernatorem Monferrato w Piemoncie. Przenosząc się na tamtejszy zamek, zabrał też ze sobą Alojzego. W następnym roku, z polecenia papieża Grzegorza XIII, wizytację kanoniczną diecezji Brescia odbywał św. Karol Boromeusz. Z tej okazji udzielił Alojzemu pierwszej Komunii świętej. Jesienią tegoż roku (Alojzy miał wówczas 12 lat) rodzice chłopca przenieśli się do Madrytu, gdzie na dworze królewskim spędzili wraz z Alojzym dwa lata. Alojzy nadal pogłębiał w sobie życie wewnętrzne przez odpowiednią lekturę. Rozczytywał się w dziełach św. Piotra Kanizego i w Ćwiczeniach duchowych św. Ignacego. Modlitwę swoją przedłużał do pięciu godzin dziennie. Równocześnie kontynuował swoje studia. Wreszcie Święty zdecydował się na wstąpienie do Zakonu Jezuitów. Kiedy ojcu wyjawił swoje postanowienie, ten wpadł w gniew, ale stanowczy Alojzy nie ustąpił. Na korzyść swego brata, Rudolfa, zrzekł się prawa do dziedzictwa i udał się do Rzymu. W drodze zatrzymał się kilka dni w Loreto. 25 listopada 1585 roku wstąpił do nowicjatu jezuitów w Rzymie. Jak sam wyznał, praktyki pokutne, które zastał w zakonie, były znacznie lżejsze od tych, jakie sam sobie nakładał. Cieszył się jednak bardzo, że miał okazję do ćwiczenia się w wielu innych cnotach, do jakich mu zakon dawał okazję.
Jesienią 1585 r. Alojzy uczestniczył w publicznej dyspucie filozoficznej w słynnym Kolegium Rzymskim, gdzie olśnił wszystkich subtelnością i siłą argumentacji. Zaraz potem otrzymał święcenia niższe i został skierowany przez przełożonych na studia teologiczne. Był na trzecim roku studiów, kiedy we wrześniu 1589 roku przybył do Kolegium Rzymskiego św. Robert Bellarmin. Wezwał on Alojzego, by powrócił do Castiglione i pojednał swojego brata Rudolfa z ojcem, który chciał wydziedziczyć syna tylko za to, że ten odważył się wejść w związek małżeński z osobą niższego stanu. Po załagodzeniu sporu Alojzy wrócił do Rzymu na czwarty rok studiów teologicznych, który miał zakończyć święceniami kapłańskimi (1590 r.).
Wyroki Boże były jednak inne. W latach 1590-1591 Rzym nawiedziła epidemia dżumy. Alojzy prosił przełożonych, by mu zezwolili posługiwać zarażonym. Wraz z innymi klerykami udał się na ochotnika do szpitala św. Sykstusa oraz do szpitala Matki Bożej Pocieszenia. Wyczerpany studiami i umartwieniami organizm kleryka uległ zarazie. Alojzy zmarł jako kleryk, bez święceń kapłańskich, 21 czerwca 1591 r. w wieku zaledwie 23 lat.
Sława świętego Alojzego była tak wielka, że już w roku 1605 papież Paweł V ogłosił go błogosławionym. Kanonizacja jednak odbyła się dopiero w 1726 roku. Dokonał jej papież Benedykt XIII wraz z kanonizacją św. Stanisława Kostki. Tenże papież ogłosił w 1729 św. Alojzego patronem młodzieży zwłaszcza studiującej. W 1926 roku papież Pius XI ogłosił św. Alojzego patronem młodzieży katolickiej. Jego relikwie spoczywają w kościele św. Ignacego w Rzymie. Szczególnym nabożeństwem do świętych Stanisława Kostki i Alojzego Gonzagi wyróżniał się św. Robert Bellarmin. Miał on ich wizerunki w swoim pokoju. Niemniej serdecznym nabożeństwem do św. Alojzego wyróżniał się św. Jan Bosco. Ku jego czci obchodził „nabożeństwo sześciu niedziel”, przygotowujących do uroczystości św. Alojzego, którą obchodził bardzo gorliwie. Drugie z kolei swoje Oratorium w Turynie nazwał właśnie jego imieniem.
W ikonografii św. Alojzy przedstawiany jest w sutannie jezuickiej, w białej komży z szerokimi rękawami. Jego atrybutami są: Dziecię Jezus w ramionach, mitra książęca u stóp, krzyż, lilia, czaszka. Wspomnienie świętego obchodzone jest 21 czerwca.

Boże, Twórco i Pomnożycielu darów niebiańskich,
Ty zesłałeś świętemu Alojzemu łaskę niewinności 
i natchnąłeś go duchem pokuty.
Spraw przez jego zasługi, 
abyśmy mogli naśladować jego pokorę. Amen.